採收後的咖啡豆一定要立刻進入處理程序，否則會開始發酵，使咖啡豆產生異味。處理的方法有「日曬法」與「水洗法」兩種，這兩種方法會造成不同的風味。日曬法的豆子有完整的自然醇味，溫柔的香氣與較多的膠質；水洗法則有不錯的醇味，高度的香氣和活潑的酸味。
日曬法
日曬法是最古老的處理方法，據文獻記載，最早在西元11世紀1000多年前的阿拉伯人，就開始使用日曬法處理咖啡果實。因為咖啡的提神效果，當時咖啡從阿拉伯世界傳入西方時還被稱為“阿拉伯人的葡萄酒”。
果實在採摘之後不經處理便開始日曬乾燥過程。這是現存最古老的處理方法。乾燥的過程通常要持續4周左右。處理的方法必須非常嚴謹，以保證咖啡不失去任何風味。自然日曬法要求當地氣候極為乾燥。在某些地區，人們會利用烘乾機輔助咖啡果實的乾燥過程（烘乾機的熱風能夠加速乾燥過程，幫助人們控制乾燥程度）。
處理過程
1.去除浮豆
將咖啡豆倒入大水槽之中，發育不完全的劣質豆會浮上水面，成熟飽滿的果實則會沉入水底，此時將水面上的浮豆撈除，即完成去除浮豆的步驟。
2.日曬
將咖啡果實均勻的鋪在曝曬場之中，且每日需翻動數次。這個過程通常持續2~3周左右，依當地氣候而定，在咖啡豆內部的含水量降至10~14%時，即完成日曬的步驟。
3.去除外殼
在日曬結束之後，咖啡種子的外層已乾硬，此時利用脫殼機去除外殼即完成日曬法的處理步驟。
優點：
日曬法在除了去除浮豆的步驟之外，都不需要用到水，且一桶水就可重複使用，成本低廉，因此在水資源不豐富與較不富裕的地區被廣泛使用。
缺點：
1.日曬法由於必須將咖啡豆放置在室外，因此常常有許多枯枝落葉等雜質摻於其中。
2.因為是利用太陽的能量，咖啡豆的乾燥程度不易控制，導致咖啡果實會發生「曬過頭」的情況，內部咖啡豆因此而有破損。
3.在日曬的過程中，由於果肉並未被去除，因此常常會出現發霉、腐壞的情況。
風味：
因為日曬法是讓咖啡果實自然乾燥，咖啡豆得以在果實內部自然熟成，不會受到外在環境的干擾，因此日曬法所處理的咖啡豆會將本身的風味放大，醇度濃厚，風味濃烈，且會散發出甜味。
水洗法
由於日曬法缺點過多，因此發明了水洗法。水洗法是目前最為廣泛使用的處理方式，與日曬法最大的不同是利用發酵去除果膠層。
利用水洗和發酵的方法去除果皮果肉及粘膜，使用水洗法的農場一定要建造水洗池，並能夠引進源源不絕的活水。處理時，是將完成發醇的豆子放入池內，來回推移，利用豆子的摩擦與流水的力量將咖啡豆洗到光滑潔凈。經過水洗之後，這時，咖啡豆還包在內果皮里，含水率達50%，必須加以乾燥，使含水率降到12%，否則他們將繼續發醇，變霉腐敗。較好的處理方法是使用陽光乾燥，雖然得費時1個~3個星期，不過，風味特佳，相當受到喜愛。
處理過程
1.去除浮豆(同日曬法)
將咖啡豆倒入大水槽之中，發育不完全的劣質豆會浮上水面，成熟飽滿的果實則會沉入水底，此時將水面上的浮豆撈除，即完成去除浮豆的步驟。
2去除果皮與果肉
透過果肉篩除機(pulping machine)，將咖啡果實的外果皮與果肉去除。(會留下果膠、內果皮與銀皮)。
3.發酵
這個步驟的目的是要利用生物處理的方法，將果膠去除。將經過果肉篩除機處理的咖啡果實，放入發酵槽16~36小時，發酵菌會溶解掉果膠。
4.水洗
在完成發酵、去除果膠後，由於發酵菌與雜質會殘留在咖啡豆上，因此會再清洗一次咖啡豆。為了要清洗乾淨，這一個步驟會消耗大量的清水。
5. 乾燥與去除內果皮、銀皮
通常會利用機器(或曬乾)將咖啡果實烘乾，讓水分含量降到10~14%。接著利用脫殼機去除剩餘的內果皮與銀皮，即完成加工處理。
優點：
1.水洗法所有的處理程序都在室內，因此能讓咖啡豆中的雜質降到最低，品質最高。
2.由於一開始就去除了果肉，因此完全不需要像日曬法一樣，擔心發霉的問題。
3.外觀較為完整，賣像極佳。
缺點：
1.程序複雜且繁瑣，因此成本較日曬法高出許多。
2.會用到大量的清水，要取得1公斤的咖啡豆需要消耗40~50公升的清水，因此在水資源缺乏的地區較少使用。
風味：
由於經過發酵，因此咖啡豆通常都會帶有明亮的酸味與果香。
蜜處理法（半日曬法）
半日曬法是日曬法的改良方法，與日曬法最主要的差異是在於，會在日曬前先去除外果皮與果肉，在保留果膠層之下，直接進行日曬。而哥斯大黎加相當著名的蜜處理法也算是半日曬法。
處理步驟
1.去除浮豆(同日曬法)
將咖啡豆倒入大水槽之中，發育不完全的劣質豆會浮上水面，成熟飽滿的果實則會沉入水底，此時將水面上的浮豆撈除，即完成去除浮豆的步驟。
2.去除果皮與果肉(同水洗法):
透過果肉篩除機(pulping machine)，將咖啡果實的外果皮與果肉去除。(會留下果膠、內果皮與銀皮)。
3.日曬:
將帶有果膠的咖啡豆，鋪在曝曬場直接進行曝曬，使含水量降到10~14%。
4.去除果膠、內果皮
以特殊機器，去除果膠與內果皮，即完成處理步驟。
優點：
1.屬於日曬法的改良方法，由於在一開始就去除了果肉，因此不會有發霉的問題產生。
2.不需耗費大量清水，成本較低。
缺點：
處理步驟可以說是所有方式中最為複雜、最為費工的。
風味：
蜜處理法的咖啡豆風味較佳，酸味與甜味均衡，且同日曬法因為有經過日曬，咖啡豆本身的香氣也會被放大，醇味濃厚。
就以 衣索比亞 耶加雪菲 Ethiopia Yirgachefe為例:
日曬耶加雪菲：淡發酵酒香，香料香
水洗耶加雪菲：茉莉花香，檸檬或萊姆酸香
【按照8克粉對150毫升93度的熱水的比例在杯子中，讓咖啡浸泡3-4分鐘，直至形成咖啡渣殼】
口感的區別：
日曬耶加雪菲：日曬有點複雜，淡發酵酒香，焦苦味會更重一些，口感會濃郁很多，蜜糖甜、可可韻帶些許香料，body厚實且餘韻持久。
水洗耶加雪菲：水洗處理的酸度會更明亮，就像檸檬酸，口感更清香些，柑橘香較明顯，後段有些紅茶茶感。
相同：兩者都會有果酸味，類似檸檬柑橘這一類水果
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